ساختار سازمانی کانون بر پایه اصل شفافیت و کارآمدی طراحی شده است. در رأس این ساختار، مجمع عمومی به‌عنوان عالی‌ترین رکن تصمیم‌گیری قرار دارد که سیاست‌ها و راهبردهای کلان را تعیین می‌نماید. در کنار آن، بازرس کانون وظیفه نظارت و صیانت از سلامت و انضباط نهادی را بر عهده دارد. هیئت مدیره به‌عنوان رکن اجرایی، مسئولیت تحقق اهداف و اجرای مصوبات مجمع را بر دوش داشته و ریاست هیئت مدیره نیز هماهنگی و هدایت فعالیت‌های کمیته‌ها و دبیرخانه را سامان می‌دهد.

زیرمجموعه هیئت مدیره، مجموعه‌ای از کمیته‌ها و بخش‌های تخصصی شامل هیئت فنی، کمیته‌ مقررات، توسعه و نوآوری، دیده‌بان کیفیت، روابط عمومی و بین‌الملل و کمیته مالی و نیز دبیرخانه کانون قرار دارند. این ساختار منسجم و پویا، ضمن ایجاد انسجام در تصمیم‌سازی‌ها، امکان تمرکز بر موضوعات کلیدی همچون کیفیت، نوآوری، آموزش و پشتیبانی از اعضا را فراهم آورده و زمینه ارتقای جایگاه ملی و بین‌المللی کانون را تقویت می‌کند.