هیئت‌مدیره، عالی‌ترین رکن اجرایی و تصمیم‌گیرنده کانون نهادهای تأیید صلاحیت‌شده ایران است که بر پایه اصل مشارکت، انتخاب‌پذیری و شایستگی حرفه‌ای شکل گرفته است. اعضا هیئت‌مدیره، با ترکیبی از نمایندگان انجمن‌های عضو و چهره‌های متخصص در حوزه ارزیابی انطباق، مسئولیت هدایت راهبردی، نظارت کلان و تصویب برنامه‌های عملیاتی کانون را بر عهده دارد.

هیئت‌مدیره کانون، با تأکید بر بی‌طرفی نهادی، شفافیت در تصمیم‌گیری، و توسعه مشارکت تخصصی، تلاش دارد از طریق تعامل مؤثر با انجمن‌های عضو، سازوکارهای حرفه‌ای برای حکمرانی کیفی و ایفای نقش فعال در فضای سیاست‌گذاری ملی فراهم آورد.